وی در دوران تحصیل خود چندین بار برای دیدار با خانواده خود به ایران سفر کرده بود اما در آخرین سفر در بهمن سال ۸۹، هنگام برگشت به آمریکا در فرودگاه خمینی بازداشت شد. او به اتهام ارتباط با دولت متخاصم و کسب درآمد نامشروع یک ماه در بازداشتگاه ۲۰۹ زندان اوین در انفرادی، واز آن زمان به بعد در بند ۳۵۰ زندان اوین به سر میبرد. وی ترکمن و از اهل سنت است و هیچ گونه سابقه فعالیت سیاسی نداشته است.
دکتر فیروز نادری دانشمند ایرانی-امریکایی و مدیر پیشین بخش “اکتشافات منظومه شمسی” در “اداره ملی هوانوردی و فضایی امریکا” (ناسا) در صفحه فیسبوک خود علاوه بر پیوست به کمپین برای آزادی امید کوکبی و قرار دادن عکس او در فیسبوک خود آورده است که دولت ایران پیش از دعوت از ایرانیان خارج از کشور برای بازگشت به وطنشان باید امید کوکبی، فیزیکدان جوان زندانی را آزاد کند.